CGM在线沙龙第十期活动预告 时间:2017年7月19号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM 地点:Youtube https://www.youtube.com/watch?v=SZFfuWPFVdU (hangout入口需要在直播开始前查看youtube窗口下面的链接) 题目:Unbiased k-mer Analysis for Comparative Genomics 主讲人:Sanzhen Liu (刘三震), Kansas State University 摘要:基因组的不同决定了大多数生物表型特征的差异。众多旨在寻找决定表型的基因类型(基因序列)的生物研究课题,让我们认识到,除了准确地定性或定量检测生物个体表型特征之外,我们还必须能够有效地分析不同个体之间基因组序列的差异。目前,比较基因组方法大多依赖于参考基因组。采用单一的参考基因组存在许多问题,例如,基因组序列代表性不够,在复杂多态性位点很难有效进行序列比对,无法有效地分析重复序列,等等。我们今天要讨论一种基于k-mer的比较基因组方法。k-mer分析不基于参考基因组,它是把大量的序列浓缩成许多独一无二的等长 DNA核酸序列(长度=k, 如25nt),并计算每条k-mer的出现次数。 我们采用k-mer方法分析原始测序数据来比较不同玉米基因组重复序列的拷贝数变化,并采用遗传的方法定位拷贝数差异的来源。同时,我们还发现了许多在玉米进化过程中显著变化的k-mers。
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CGM在线沙龙第九期活动预告 时间:2017年7月5号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM 地点:Youtube https://www.youtube.com/watch?v=hzydqZXaL5o (hangout入口需要在直播开始前查看youtube窗口下面的链接) 题目:The cause and consequence of alternative splicing in maize and across species 主讲人:梅文彬 摘要: 人类基因组只有两万个基因, 但这两万个基因组成了复杂的核糖核酸和蛋白网络,在这个过程中一个基因往往能够产生很多个核糖核酸或者蛋白质,在果蝇中某个基因可以产生几万个核糖核酸或者蛋白质。这个由一个基因组通过基因内结构的重组产生不同的核糖核酸或者蛋白质的方式叫做可变剪切。很多神经方面的疾病都会造成可变剪切的变异,比如说自闭症,脊髓性肌萎缩,早衰症,各类肌肉萎缩疾病等等。 在植物研究当中发育和对环境的适应两个方面会对作物的产量和质量产生直接或者间接的影响, 研究发现,可变剪切在发育和环境的环境适应过程中具有很大的弹性,利用公共数据我们对整个玉米基因组的可辨剪切进行了普查,特别是发现了在玉米籽粒发育的过程中可变剪切可能可以调控部分基因的表达,基因在不同的耐旱情况下会产生不同的可变剪切,另外我们发现了某些特定的突变会造成玉米不同株系间可变剪切的差异表达,通过比较基因组学的方法我们发现了在玉米不同的亚基因组之间的可变差异的表达。 除了通过经典遗传学的方法,如何找到可变剪切和作物形状之间的联系是一个研究热点。如果在进化的过程中产生了功能选择,那么可变剪切就会变得保守,我们通过多物种全基因组的可变剪切的比较发现了很多在禾本科内保守的可变剪切,有些甚至在整个单子叶植物或者被子植物里都是保守的可变剪切。最终通过研究可变剪切在不同植物发育阶段以及对环境的影响,我们可以把可变剪切作为一种检测的手段,以及用来预测作物的生长。 |
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July 2017
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