CGM在线沙龙第十期活动预告 时间:2017年7月19号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM 地点:Youtube https://www.youtube.com/watch?v=SZFfuWPFVdU (hangout入口需要在直播开始前查看youtube窗口下面的链接) 题目:Unbiased k-mer Analysis for Comparative Genomics 主讲人:Sanzhen Liu (刘三震), Kansas State University 摘要:基因组的不同决定了大多数生物表型特征的差异。众多旨在寻找决定表型的基因类型(基因序列)的生物研究课题,让我们认识到,除了准确地定性或定量检测生物个体表型特征之外,我们还必须能够有效地分析不同个体之间基因组序列的差异。目前,比较基因组方法大多依赖于参考基因组。采用单一的参考基因组存在许多问题,例如,基因组序列代表性不够,在复杂多态性位点很难有效进行序列比对,无法有效地分析重复序列,等等。我们今天要讨论一种基于k-mer的比较基因组方法。k-mer分析不基于参考基因组,它是把大量的序列浓缩成许多独一无二的等长 DNA核酸序列(长度=k, 如25nt),并计算每条k-mer的出现次数。 我们采用k-mer方法分析原始测序数据来比较不同玉米基因组重复序列的拷贝数变化,并采用遗传的方法定位拷贝数差异的来源。同时,我们还发现了许多在玉米进化过程中显著变化的k-mers。
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CGM在线沙龙第九期活动预告 时间:2017年7月5号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM 地点:Youtube https://www.youtube.com/watch?v=hzydqZXaL5o (hangout入口需要在直播开始前查看youtube窗口下面的链接) 题目:The cause and consequence of alternative splicing in maize and across species 主讲人:梅文彬 摘要: 人类基因组只有两万个基因, 但这两万个基因组成了复杂的核糖核酸和蛋白网络,在这个过程中一个基因往往能够产生很多个核糖核酸或者蛋白质,在果蝇中某个基因可以产生几万个核糖核酸或者蛋白质。这个由一个基因组通过基因内结构的重组产生不同的核糖核酸或者蛋白质的方式叫做可变剪切。很多神经方面的疾病都会造成可变剪切的变异,比如说自闭症,脊髓性肌萎缩,早衰症,各类肌肉萎缩疾病等等。 在植物研究当中发育和对环境的适应两个方面会对作物的产量和质量产生直接或者间接的影响, 研究发现,可变剪切在发育和环境的环境适应过程中具有很大的弹性,利用公共数据我们对整个玉米基因组的可辨剪切进行了普查,特别是发现了在玉米籽粒发育的过程中可变剪切可能可以调控部分基因的表达,基因在不同的耐旱情况下会产生不同的可变剪切,另外我们发现了某些特定的突变会造成玉米不同株系间可变剪切的差异表达,通过比较基因组学的方法我们发现了在玉米不同的亚基因组之间的可变差异的表达。 除了通过经典遗传学的方法,如何找到可变剪切和作物形状之间的联系是一个研究热点。如果在进化的过程中产生了功能选择,那么可变剪切就会变得保守,我们通过多物种全基因组的可变剪切的比较发现了很多在禾本科内保守的可变剪切,有些甚至在整个单子叶植物或者被子植物里都是保守的可变剪切。最终通过研究可变剪切在不同植物发育阶段以及对环境的影响,我们可以把可变剪切作为一种检测的手段,以及用来预测作物的生长。 CGM在线沙龙第八期活动预告 时间:2017年6月21号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM 地点:Youtube https://www.youtube.com/watch?v=38PPfpv9Q08 (hangout入口需要在直播开始前查看youtube窗口下面的链接) 题目:怎样提高英文科技论文的写作? 主持人:祁新帅 摘要: 英文科技论文写作是长期困扰很多中国学生和学者的问题。我们经常听到这样的抱怨,“毕竟不是我们母语”,“老外天生就写作好”,“语法和词汇量是提高写作的关键”,“多读,多模仿”。那么事实真的是这样吗?每天成千上万篇中国学者撰写的论文不断地发表在各种良莠不齐的杂志上,可是很多时候连我们自己都对国人的作品嗤之以鼻--哪怕是那些发表在主流杂志上的文章。而另一方面,有时候真的不得不对老外的作品拍手称赞。那么真的老外就天生会写作吗?答案恐怕是否定的。那么究竟应该怎么样提高英文科技论文的写作呢?真正能有效提高写作的道路在何方?本期节目让我们大家一起围绕这个话题展开讨论,献计献策并共同提高。 推荐阅读On Writing Well, The Craft of Research, Writing Science: How to write papers that get cited and proposals that get funded, Science Research Writing for Non-Native Speakers of English, Elements of Style, A Practical Guide to Scientific Management for Postdocs and New Faculty. CGM在线沙龙第七期活动预告 时间:2017年5月24号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM 地点:Youtube https://youtu.be/ijidlmivyz8 (hangout入口需要在直播开始前查看youtube窗口下面的链接) PPT 链接:https://drive.google.com/open?id=0B5AMUSPwO4lreklBWVJrX3FYdGs 题目:Rapidly define crop gene functions using Setaria viridis as a model 主讲人:黄璞 Donald Danforth Plant Science Center (DDPSC) 摘要: 在今天人口爆炸而资源有限的大背景下,通过植物遗传学的手段来改进我们的粮食和能源作物使之获得更大的产量,同时消耗更少的资源是一种重要的解决此矛盾的途径。可是迄今为止,即使在重要传统农作物中,遗传学研究依然进展缓慢。以玉米(Zea mays)为例,作为产量最大的农作物以及传承自上世纪20年代的经典遗传学模式作物,我们也才仅仅对于其六万多个基因中的约五百个的功能有大致的了解。 此项研究中我们展示了一个可能性:一个利用近缘的模式物种——狗尾草(Setaria viridis)来寻找性状相关基因,从而加快作物遗传学研究和作物改良的可能性。我们结合了传统做图方法,大规模测序以及狗尾草的模式生物特性,迅速的找到了一个控制稀穗性状的新基因。这个寻找基因的过程比在玉米中的同类工作节省了超过2/3的时间,成本以及人力资源。通过这一个例,我们展示了狗尾草作为禾本科作物的模式生物的特殊价值,以及有效利用这个模式生物的一种途径。这一工作最近已经发表(https://www.nature.com/articles/nplants201754)。在过去的五年中我们也积累了许多狗尾草的相关资源,这些我都将会介绍一下。我们热诚欢迎各位的探讨和建议,如果对狗尾草有兴趣,或者觉得它对您的研究会有所助益,也欢迎直接联系我。 时间:2017年05月10 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
地点:youtube https://www.youtube.com/watch?v=1Bv0n6Kxaug 注意!hangout入口需要查看youtube链接。 讨论题目:基于版本控制的数据分析及流程管理 讨论主讲人:杨金良 摘要: 子曰:“By three methods we may learn wisdom: first, by reflection, which is noblest; second, by imitation, which is easiest; and third by experience, which is the bitterest.” 子说的当然是中文, 原文为“生而知之者,上也;学而知之者,次也;困而学之者,又其次也;困而不学,民斯为下矣!”。 之所以引孔老夫子的这句话,着实是因为,多年研究经历了一些苦头,痛定思痛,学习总结了一套自认为行之有效的方法。所以,因困而学,我觉得不算太差。 什么样的苦头呢(“困”)呢? 第一:PhD毕业之前半年存了你多年工作脚本的硬盘坏了,你指望着写论文呢,你说你困不困? 第二:文章修改的过程中,让你报告多年前一个数据分析的参数,鬼还记得那个数是几,你说你困不困? 第三:多年来,积累了几十个大大小小的分析,几百个修修补补的图表,几千个改来改去的脚本。这些文件管理起来,困不困!我就问你,困不困! 好了,今天,我们因困而学之,因困而讨论之,不算最差吧。我们将从四个方面展开讨论(参见我的相关博客文章 http://jyanglab.com/2017-01-07-project/)。大家要积极参与哦,结合自身经验,推荐一些好用的工具或可行的方案,最好准备一两张slides。
Video:https://www.youtube.com/watch?v=1Bv0n6Kxaug Slides:https://drive.google.com/open?id=0B5AMUSPwO4lrN0xXbmFFWGVUblE 时间:2017年04月26 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
地点:youtube https://www.youtube.com/watch?v=S7cLVU9BQSg 注意!hangout入口需要查看youtube链接。 题目:白菜的前世今生 主讲人:Hong An (安宏) 摘要: 白菜,不仅是一种我们从小吃到大的蔬菜,还是《功夫厨神》中的开水白菜,是植物大战僵尸中的拳击战士。说到白菜,想必大家心中都有一个以其为原料烧制的菜肴,让人感到家的味道与温暖。这期沙龙我们就来聊一聊白菜不同亚种的起源和它们的传播,看看它们如何从地中海北部传播到世界各地。如果有兴趣也可以看一下我们发表在Molecular Ecology的文章。 Slides Video 时间:2017年4月12号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
地点:Google Hangouts, link: https://hangouts.google.com/hangouts/_/hwsgxveqfzasdewojqx5sfdngme 题目:Comparative genomics approaches accurately predict deleterious variants in plants 主讲人:Li Lei (雷栗) 摘要: 您想知道您的基因组上有多少导致疾病的突变吗?您想知道您研究的对象基因组上有多少降低产量或者适应性的突变吗?我们为您准备了一个贴心的pipline叫BAD_Mutation, 帮您预测一切有害的突变。若有兴趣,请加入本期的讨论会。作者将向您详细介绍BAD_Mutation的优点及其教您怎样使用BAD_Mutation。若有兴趣的,可以读一下我们bioRxiv preprint的文章。 Slides Video 时间:2017年3月29号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
地点:Google Hangouts, link: https://hangouts.google.com/hangouts/_/hwsgxveqfzasdewojqx5sfdngme 题目:植物的微生物世界 主讲人:Ling Xu (徐凌), Ph.D. & Siwen Deng (邓斯文) (由于技术原因,本期讲座只有语音和PPT,非常抱歉,敬请谅解) Audio Slides 摘要: 结束了一天的忙碌,让我们来杯最爱的饮品或是准备些喜爱的茶点,找个舒适的坐姿,一起来探究微生物的世界… 我们都知道人类赖以生存的环境里充斥着微生物,但你知道人类身体内90%的细胞,99%的基因是来自微生物吗? 大家对微生物的微世界知多少? 它们是敌是友? 实际上,人类和微生物的关系源远流长,早在我们还没有发明“微生物”这个名词,显微镜还没有出现,更没有实际观察到它们的微世界时,我们的祖先已经利用它们酿酒,制造各种发酵食品。甚至有些学者认为地球上的生命起源于微生物。 此处省略一万字….. 我们在这里不去争论宇宙的起源。但有一点毋庸置疑:微生物作为这个世界的一部分,早已和动植物息息相关,命脉相连… 以植物为例:无论是呼吸的空气还是扎根的土壤,里面都有数不尽的不同种类的微生物。它们对植物生长的调节,对帮助植物应对环境变化有着很重要的作用。那么,植物是怎样调节这些微生物的呢,如何征用益生菌,抵御病原菌呢? 科学技术的日新月异让我们能够不断探索这些问题,宏基因组学的出现更是让我们能够直接分析环境中微生物群落的基因序列而得到有关组成和功能等的信息。对植物微生物群落的研究可以帮助我们解读微生物与植物间的交流,改善优化植物的微生物群落,从而提高农作物的生长。 让我们一起来讨论植物与微生物群落间的有趣故事吧! Coming events:
July 19: Sanzhen Liu Aug 2: General Discussion: Job application and Career development Aug 16: Lightning Talk/Elevator Speech. 每人5分钟。介绍你在做什么,或者你感兴趣的科学问题。不一定有结果,只要有大体的研究思路和方法就行。然后大家讨论5-10分钟。每次安排4-5个人。这样鼓励研究生来讲,同时有助于大家拓展思路,提高每次的效率。 TBD: General Discussion: grant application Dawei Li Ya Yang 时间:2017年3月15号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
地点:Google Hangouts, link: https://hangouts.google.com/hangouts/_/hwsgxveqfzasdewojqx5sfdngme 题目:作物驯化的进化遗传学展望 主讲人:祁新帅 (博士)http://xinshuaiqi.weebly.com/ 摘要: 在过去的13000年时间里,人类的祖先从野生植物中驯化出了上百种植物,做为我们今天的主要粮食来源。从进化遗传学角度理解作物的驯化对解决粮食问题和深入理解进化论都有重要价值。主讲人将简单介绍这方面的研究进展,并提出几个未来该领域的研究方向,和参与的同学一起探讨。 也欢迎大家关注主讲人的个人主页:http://xinshuaiqi.weebly.com/ Slides Video |
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